世界衛生組織把臺灣的疫情由第四級的「社區集中性感染區」調降為「受影響區」。前此，世界衛生組織認為臺灣的疫情與中國、越南的「社區集中感染」程度相同。
臺灣衛生署副署長李龍騰星期日（4月13日）在記者會中，一度誤以為臺灣已從肺炎感染區中除名，不過，經衛生署和臺灣媒體向世界衛生組織查詢後發現，臺灣仍列入嚴重急性呼吸道綜合症感染區，只是不再與中國大陸、香港的疫情「同一等級」。
世界衛生組織的最新資料，是將臺灣與美國、英國倫敦等並列為有限度的地方性散佈，即在3月15日之後沒有國際輸出病例、而且傳染途徑限於人與人親密接觸的地區。
抗議「不公平」對待
臺灣衛生署官員認為，雖然臺灣並沒有從嚴重急性呼吸道綜合症感染區中除名，但和美國一樣，被視為是感染區中疫情較輕、控制良好的地區，這顯示臺灣的防疫努力與成效受到肯定。
臺灣官員也表示，這對臺灣爭取泰國、馬來西亞等國合理對待臺灣人士，應該有所幫助。
近來由於嚴重急性呼吸道綜合症疫情，泰國規定來自臺灣的旅客必須全程戴口罩，馬來西亞則表示不歡迎臺灣旅客，臺灣認為這是損及臺灣形象和民眾權益的不公平措施，曾經由外交、衛生部門途徑表達抗議，在野黨甚至呼籲臺灣民眾應拒赴泰國旅遊，及政府應暫停引進泰籍勞工，作為反制。
面對臺灣和中國大陸、香港同列為疫情嚴重地區，臺灣外交部也頻頻「消毒」，向國際間喊話，說明臺灣疫情並不嚴重，而且防疫得當。
零死亡病例
這次世界衛生組織「調降」臺灣的疫情嚴重性，至少符合了臺灣的部分期望。
臺灣衛生署表示，根據世界衛生組織的相關規定，至少要保持20天之內都沒有任何新增感染病例，才有可能完全自感染區名單除名，回覆安全程度。
此外，臺灣總統陳水扁星期日在出席一項國際性會議致詞時，再度強調，因兩岸來往密切，臺灣受到嚴重急性呼吸道綜合症疫情波及，但臺灣做到零死亡病例、零社區感染、零移出，這不是簡單的事。陳水扁也表示，臺灣應「有希望」成為世界衛生組織的觀察員。
目前，在中國大陸和香港也被稱為非典型肺炎的急性呼吸道綜合症仍在全球擴散，中國大陸和香港的死亡和感染數字不斷上升。
