朱鎔基是在國家宗教事務局看望出席全國宗教廳局長會議以及宗教工作理論會議的代表時發表的講話。他除了要求代表們貫徹十六大關於宗教工作的指導方針，加強對宗教工作的支持力度外，還強調"要依法管理宗教事務，保護合法，打擊非法，抵禦滲透，打擊犯罪。"身在北京的基督教家庭教會成員徐永海對自由亞洲電臺說，他對朱鎔基"打擊非法"的說法感到很不舒服：
不過徐永海承認，現在基督教家庭教會受到政府當局的干擾較之10年前已經減少很多。不過天主教地下教會卻沒有這樣幸運。美國龔品梅樞機主教基金會的龔民權說，中國地下天主教會受到政府的嚴厲打擊：
另一個受到中國政府嚴厲打擊的是所謂的准宗教組織法輪功。法輪功在美國華盛頓地區的發言人王濤正在籌劃又一次的燭光請願集會，為的是最近在中國死去的法輪功成員：
外界紛紛傳言朱鎔基總理即將在三月份召開的全國人大上退休，去年十六大上臺的新的領導班子將全面接管政府權力。自從胡錦濤上任中共總書記以來，有一些不同於江澤民時代的做法。那麼在宗教政策上會不會有新的變化呢？龔民權並不太樂觀：
不過，法輪功的王濤透露說，最近中國一些官方媒體網站上有關打擊法輪功的專題都已被刪除。在新華網和人民網上，只有關於法輪功干擾衛星信號的專題還在。
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