現在已經開發開放的35號石窟面積有12000平方米，最高處離地面有18米，上下落差有25米，最深處比目前的新安江水面還要低2米，裡面有16間石房和26根石柱；2號石窟整體呈現樓上樓結構，而且兩樓之間原來沒有任何通道，二樓的地下長廊寬闊悠長，環境乾爽，面積有4800平方米，清理石窟時發現了從唐朝到晚清等不同朝代的文物，還有鈣化木化石及鐘乳石。
這次整理的猜想中最引人注目的是石窟屯兵說，因為早在三國時期，孫權為穩定徽州局勢，派大將賀齊屯兵於溪水之上，後來還將新安江上游地域改名為屯溪。這段史實似乎印證了花山謎窟是賀齊屯兵和儲備彈藥的大本營；
古徽州的經濟文化非常發達，歷史上給後人留下了無數的氣勢磅礡、做工精巧的古民居、古橋和古道，建設所需要的石料會不會是從緊靠新安江的謎窟內取出來後通過新安江運輸到徽州各地的呢？因此採石場之說也有理由；
皇陵說－－花山謎窟規模宏大，氣勢磅礡，如此浩大的工程憑藉個人和民間組織是難以完成的，自古以來古徽州就是人們推崇的寶地，素有「生在蘇州，玩在揚州，葬在徽州」之說，這裡水文地理條件優越，很適合建築陵墓，因此有人猜想花山謎窟是因戰亂改朝換代原因沒有完工的皇陵；
史前文明說－－有地理學者把北緯30度稱作「神秘線」，在這條神秘線附近分布著許多神秘莫測、鬼斧神工的世界奇觀，例如古埃及金字塔、百慕大三角、死海、撒哈拉大沙漠等，花山謎窟也位於北緯30度附近，所以有人大膽猜想，認為這是外星人的傑作；
功能轉化說－－有些專家考證說這些石窟不是一個朝代和一個時期一次性完成的建築，而是在漫長的歷史中不斷開鑿而成，最初可能是為採石，但是後來人們將它用作避難、屯兵、儲糧食等用途，這種假說可以解釋同一石窟石紋鑿痕不同，花紋圖案不一樣的現象；
山丘說－－上海復旦大學的教授在考察後大膽設想，石窟群的幾十萬立方米石料運出洞口後就地堆積，日積月累形成新的山丘；
道家福地說－－離石窟不遠的地方就是全國四大道教名山之一的齊雲山，而道家有用群洞做福地修身養性的傳統。從齊雲山到石窟群有新安江水路可以直達，這種猜想可以解釋眾多石房之謎。
此外還有巨型石文化建築說等等，但這些猜想都不是很完整，一個猜想解釋了這個疑問，又無法圓其他的疑問，所以花山謎窟的諸多謎底到底何時能揭開，這本身也已經成了一個最大的謎。
安徽日報
