飛安會指出，黑盒附在飛機的殘骸上，因此殘骸的大小、海流的強度、海底的能見度，都會影響打撈黑盒的工作。
臺灣海軍的掃雷艦正在聲納儀器的協助下搜索黑盒。美國國家運輸安全委員會和美國民航署也將會派人到澎湖協助打撈工作。
空難的搜救行動已經持續了兩天，但還沒有找到一個生還者，相信能找到生還者的機會很渺茫。 到目前為止，已經確定尋獲80具屍體，半數屍體身份已經獲得確認。
飛安會星期天（5月26日）指出，華航這次空難是由於客機在空中解體並分裂成四大塊，朝四個方位散開。
據臺灣媒體引述航空專家分析，很可能是飛機內局部爆炸或外力撞擊，才會導致飛機其中一部分機體高速反向爆裂開。
專家認為，1996年美國環球航空公司的一架同型號客機在大西洋上空解體，是由于飛機中央油箱的電線發生短路而產生火花，點著油缸裡的可燃混合氣體引起爆炸導致飛機解體，這也可能是華航這次空難的原因。
至於是否受到外來的攻擊，這就要檢視飛機殘骸碎片才能判斷。
由于飛機失事的地點，接近臺灣海峽中線是一個敏感位置，因此有傳言說飛機是給臺灣或中國演習的導彈擊落。不過，雙方已經即時否認。
同時，臺灣國家安全局也否認這次空難與恐怖襲擊有關。副國安局長表示，事發後所收集的情報所得，事件應該與恐怖份子無關。
打擊生意
這次空難對生意才剛有起色的華航將會造成重大打擊。不少本來打算乘坐華航的旅客都改變主意，加上如果再沒有保險公司願意承保事故頻生的華航，那麼就可能出現華航有飛機卻不能飛的危機。
另外，華航已經成立了「理賠小組」，負責處理罹難者的賠償事宜。初步估計，每位罹難者的賠償金額約一千萬新台幣。在這次空難事故中，飛機上一共有225人。
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