四月十六比金汗召集各貝勒，嘉獎踴躍道命之貝勒，訓斥怠緩之人。皇太極諭：「朕以察哈爾不道，整旅往征，先期諭令爾等率本部兵來會。今爾等所領之兵，多寡不齊，遲速亦異，惟科爾沁部土謝圖額駙奧巴率來軍士甚多，又不惜所蓄馬匹，散給部眾，疾馳來會」，「足見立心誠愨，憂樂相同，聯甚嘉之」。至於舅舅吳克善的行動，則使「朕心不甚歡樂」。扎魯特部諸貝勒，「尚屬實心效力」，敖漢、奈曼諸貝勒，亦「較優，然也未為盡善」。巴林諸貝勒似尚畏懼察哈爾，且「吝惜馬匹，怠緩不前」，阿祿諸貝勒「深受林丹汗之欺凌，乃此次並不思仗朕之力以復仇，而不多發兵馬」，「僅以一旅之師勉強應命」，「應俟班師日議罪」。各貝勒皆叩首受命。這次訓諭，對激勵和鞭策蒙古踴躍從征，起了很大作用。
皇太極下令，日夜兼程，直取林丹汗住地，一舉蕩平察哈爾。四月二十二日，大軍過興安嶺，行軍已達一千三百多里（從瀋陽算起）。但是，連一個察哈爾人也未看到，原來鑲黃旗團山額真達爾哈家的兩名舊蒙古人，於十八日夜間潛盜良馬六匹，飛奔察哈爾，通知金兵大舉來攻。「林丹汗問之大懼，遍諭部眾，棄本土而奔，遣人赴歸化城（今內蒙呼和浩特），驅富民及牲畜盡渡黃河。察哈爾國人倉卒逃遁，一切輜重，皆委之而去。」
皇太極知悉此情，諭領兵諸貝勒大臣：「察哈爾知我整旅而來，必不敢交鋒，追愈急，則彼遁愈遠，我軍馬疲糧竭，不如且赴歸化城暫住」。於是大軍向歸化城前進。五月二十三日，至木魯哈喇克沁，分兵兩翼，左翼以貝勒阿濟格為帥，率科爾沁土謝國額駙奧巴及巴林、扎魯特、喀喇沁、土默特、阿祿等部兵一萬，往掠大同、宣府邊外一帶察哈爾部民；右翼命濟爾哈朗、岳托、德格類、薩哈廉、多爾袞、多鋒、豪格等貝勒領兵二萬，往掠歸化城黃河一帶部民；汗與大貝勒代善、貝勒莽古爾泰統大軍繼進。二十七日獲悉，林丹汗聞金兵入境，驚慌失措，「盡攜部民、牲畜、財物，渡黃河以遁，所遺止窮民耳」。這一天，大軍行馳七百里，西至黃河木訥漢山，東至宣府，自歸化城南及明國邊境，「所在居民逃匿者，悉俘之，歸附者，編為戶口」。
一些蒙古人逃入明境沙河堡，皇太極致書堡中明將，索取選人，稱：「我北征察哈爾，窮追四十一日，擒其哨卒訊之，雲已星夜逃去」，「我欲收其部民，因還兵克歸化城」，「近聞察哈爾所造人畜財物，為爾等收留，當－一歸還於我。否則，自取禍患。」明將大驚，立即送還逃入蒙古及欲賞與林丹汗之財物，計有男婦三百二十名、牲畜一千餘及所賞納緞布帛六千餘匹。宣府守將亦將犒賞察哈爾汗所財物存在張家口者，全部獻出，計級布及虎豹狐徽等應共一萬二千五百匹（張）。明宣府巡撫、總兵又遵金汗諭旨，議和通市，贈獻黃金、白銀、蟒緞、布匹、茶葉數千（匹、兩、包）。六月二十四日，大軍紮營於張家口外喀喇把爾噶孫，「列三十營，聯絡四十里」。分略各路大兵，「所至村堡，悉焚其廬舍，棄其糧糗，各籍所俘獲，以聞於上，共計人口牲畜十萬有餘」。
皇太極認為此戰國的基本達到，遂統軍東返，於七月二十四日回到瀋陽。此行往返萬餘裡，歷時三個月零二十六天，雖未生擒林丹汗，但已給其以致命打擊，逼其丟棄本土遠逃，察哈爾部分崩瓦解。林丹汗率殘部星夜逃往西藏，「臣民素苦其暴虐，抗違不行」，原有三十餘萬部眾，途中逃散者十之七八。到天聰八年，無處安身東選西通的林丹汗，病死於青海大草灘，余部紛紛回歸，投順於金汗。天聰九年二月，多爾袞等貝勒奉諭統兵一萬，往尋林丹汗之子額哲，於四月降額哲及其母蘇泰太后，並獲元朝歷代傳國玉璽。林丹汗之妻囊囊太后，竇土門福晉，以及其他貝勒、寨桑，紛率所部來歸。漠南蒙古各部悉隸金汗之下。
皇太極深知，只靠一二次征剿和隨從效力，並不能使各部蒙古長期歸順於己，也不能僅僅依靠盟誓，而須以武力作後盾，用制度、法令來約束各部，使他們聽從金汗統轄和指揮。天聰三年正月，他頒敕諭於科爾沁、敖漢、奈曼、喀爾喀，喀喇沁，「令悉道我朝制度」。三月，他又遣使巨赍敕，「諭歸順各部蒙古諸貝勒，申定軍令」，規定凡遇出師之時，宜踴躍爭赴，協力同心，不得遲期。若征察哈爾，凡管旗之諸貝勒，年七十以下十三以上，俱須從征，違者，罰馬一百匹駝十頭。遲三日不至約會之地，罰馬十匹。若征明國，每旗大貝勒一員、臺吉二員，率精兵百人從征，違者，罰馬一千匹、駝百頭。於相約會集之地擄掠者，罰馬百匹、駝十頭。
天聰八年正月，皇太極借外藩蒙古科爾沁、敖漢、阿祿、喀喇沁、奈曼、四子部落等部貝勒來朝的機會，具體定其法例。他諭告諸貝勒：「爾蒙古請部落，向因法制未備，陋習不除」，今與諸貝勒約定：凡貝勒奪有夫之婦配與他人者，罰馬五十匹、駝五隻，其納婦之人，罰七九之數，給與原夫。姦有夫之婦，據投別貝勒者，男婦俱論死，取其妻子牲畜，盡給原夫，如貝勒不執送，罰貝勒馬五十匹、駝五隻。盔甲、綿甲、馬鬃尾無牌印，以及盜纓等不遵金國制度者，俱罪之。
同年十月，遣使者阿什達爾漢前往蒙古，在碩翁科爾大會敖漢、奈曼、巴林、扎魯特、翁牛特、四子、吳喇忒、喀喇沁、土默特、塔賴各部管事大小請貝勒，分定各部地界，嚴禁各部互相侵越。第二年天聰九年二月，又編審內外喀喇沁蒙古壯丁，除盲人及手足殘廢者外，年六十歲以下、十八歲以上，俱照例編審，共編壯丁一萬六千九百五十三名，其中喀喇沁左翼旗、喀喇沁右翼旗、土默特三旗壯丁共九千一百二十三名，仍隸於滿洲八旗之內，另外七千八百三十萬，加上舊蒙古，正式編立蒙古八旗，分由阿代、達賴、恩格圖、布彥代、伊拜、蘇納、吳賴、扈什布等八人為困山額真，各旗均設梅勒章京、甲喇章京各二員。
漠南蒙古各部的統一及蒙古八旗的編立，為金國擴大了兵源，增加了兵馬，加強了滿蒙聯盟，消除了來自北方的威脅，對全國的鞏固和強大，以及對明國的征討，均起了重大作用，從此以後，金國汗便可全力攻明瞭。
