陳水扁在書中，以"驚濤駭浪"來形容去年臺灣政權交接的過程，並指民進黨政府上臺後，臺灣軍事、情報單位不知"為何而戰"，來自對岸的情報也大量減少。
至於兩岸關係，陳水扁在書中重申"期待兩岸握手的一刻"。
即將在近日出版的陳水扁新書《世紀首航-政黨輪替五百天的沉思》，共十多個章節，透露不少臺灣政壇內幕。
陳水扁在書中首度談到，去年臺灣的政黨輪替只是"良心移交"，而非"制度移交"，只是"口頭移交"，而非"清冊移交"，因此產生不少混亂。
陳水扁在書中說，他在當選總統後還自問︰是否能順利宣誓就職？而從當選到宣誓就職這關鍵的一百天中，他對內要處理來自軍情系統、社會情緒、檔案移交等難題，對外還要妥善處理對美關係與兩岸互動。
由敵人變統帥
對於軍隊的問題，陳水扁說，過去民進黨被列為"三合一敵人"，他也被視為"台獨的同路人"，但一夕之間成為三軍統帥，軍隊對他有疑慮是正常的。
因此，選前他就明確宣示，選後軍方情治人事不會出現大變動，以安定為原則。
還有，他在選後密集拜訪軍方將領，走遍軍事基地，也是為了打破軍方對他的誤解。
陳水扁表示，他要讓臺灣軍方瞭解"誰要消滅中華民國，誰就是我們的敵人"，讓軍方有新的中心思想︰"是為了保衛中華民國而戰、是為了國家而戰，不是為了任何單一政黨"。
肯定李登輝
陳水扁在書中肯定前總統李登輝於任內確定"軍隊國家化"，也肯定臺灣軍情單位在選前宣示不論選舉結果為何，都會效忠新的三軍統帥的做法，但他也不諱言，移交過程和情治單位內部紛爭，有種種混亂。
陳水扁指出，除了國家安全會議沒有完整的資料檔案外，包括總統府、行政部門也不是那麼配合，所幸李登輝做了交代，但程度也非百分之百，"直到現在，政權轉移還在進行中。"
有一次，李登輝告訴陳水扁，有件事忘了說。陳水扁在書中說，"其實，他忘掉的事可能還更多。"
『無知』讓人恐懼
陳水扁表示，現在回想起來還會捏把冷汗，國安會對一些重要的事情，竟然連一份會議記錄的檔案都沒有，新政府完全不知道過去國安會做了什麼？碰到過什麼問題？如何危機處理？"無知讓人恐懼"，這就是他在政權移交過程中的真實情狀。
陳水扁在書中談及臺灣情治單位出現的危機，包括臺灣內部、對岸情報都大量減少，以及在大陸的老情報員不知為誰而戰、為何而戰，所以他努力讓情治單位在一定程度上中立化。
陳水扁說自己試圖改善兩岸關係
在修補對美關係和兩岸關係部分，陳水扁認為，他就職時是處於最壞的狀況，臺美關係已因李登輝的"兩國論"跌到谷底，兩岸關係也異常緊繃。
兩岸何日握手言和？
陳水扁說，他當選後，花了非常多時間修補對美關係，希望讓臺灣人民、對岸與美國政府瞭解，阿扁不是一個不能預測、複雜的政治領袖。他認為，他在五二○的就職演說做了非常好的溝通，同時持續努力做到言行合一。
在這本新書中，陳水扁也再度強調，應該用中華民國憲法為"一個中國"問題定調，尋求解決兩岸歧見和"一個中國"的答案。他並以書房裡高掛著南北韓領導人在去年6月13日首次見面時的握手合照為例，表示"南北韓能，為什麼臺北和北京不能？"
至於是統還是獨，陳水扁似乎並不著急，說應該留給後代來決定："我們沒有必要現在為我們的後代作自上而下的結論。"
他期待兩岸領導人也可以和解，甚至握手，「歷盡劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇」，一起改寫歷史、創造歷史。
移交之爭
臺灣總統府近日來陸續公布陳水扁這本新書內容，已引起臺灣政壇與輿論高度重視與討論。尤其對於陳水扁指政權移交過程中，國安會有部分重要機密檔案並未移交，臺灣前國安會秘書長殷宗文則發布聲明指"列冊移交、有案可查"，引發新、舊政府對移交一事各執一詞的爭議。
星期一（10月29日）在立法院，在野黨立法委員以此質詢政府發言人（新聞局長）蘇正平，但蘇正平以"不是其職權範圍"為由，不願做任何評論。
而親民黨立委李慶華等人，則認為國安會歷次會議記錄可能遭侵佔、隱匿，星期一分別到臺北地檢署，按鈴告發李登輝與殷宗文等涉嫌侵佔、隱匿軍機，要求檢方盡速徹查。
至於新書中提到兩岸關係部分，臺灣有評論者認為，陳水扁表示"期待兩岸握手的一刻"，然而陳水扁執政以來最有機會創造兩岸高層對話的APEC領袖高峰會，卻在新政府"錯估形勢"的情況下喪失契機，顯見新政府仍未掌控大陸政策的主軸，決策取向搖擺不定，評論者期盼陳水扁能展現大氣魄，來化解兩岸爭議。
此外，陳水扁這本新書也有相當篇幅談及與副總統呂秀蓮的互動，並強調"副總統只是備位元首，不是半個總統"，也引起臺灣輿論關切正、副總統的不和，是否已正式台面化。
BBC
