中東極端團體
中東地區的恐怖主義團體很可能成為美國當局調查的主要對象。據法新社引述伊斯蘭教激進團體吉哈德運動高級官員的話說，這些恐怖襲擊事件是美國中東政策造成的後果。
紐約世界貿易中心大樓遭受恐怖主義襲擊已非首次。1993年2月，一顆炸彈在世貿大樓地層的汽車停車場爆炸，造成6人死亡，上千人受傷。
穆斯林盲人阿布拉曼在1995年因策劃爆炸世貿中心和聯合國大樓而被判監禁。
本拉登
然而，策劃這些爆炸事件的罪魁禍首和幕後策劃者則很可能是遭到美國通緝的最大嫌疑犯本拉登。
在當局對週二的恐怖主義襲擊事件展開調查時，本拉登顯然將成為重大嫌疑。
美國駐肯尼亞和坦尚尼亞使館在1998年被炸，美國也指責是本拉登幕後策劃所為。
對參與爆炸事件的四名男子的審訊會獲悉，他們參與了本拉登所領導的殺害美國人的恐怖襲擊活動，而本拉登是幕後指揮。
2000年10月，美國一艘戰艦在葉門港口停泊時遭到炸彈襲擊，美國當局也認為是本拉登干的。儘管當局沒有找到相關聯繫，但據稱本拉登在事後對這次襲擊表示了稱讚。
1997年3月，在接受美國有線電視臺記者訪問時，本拉登警告說，如果美國政府真想避免美國國內出現爆炸事件的話，美國就應該「停止對穆斯林的感情進行挑釁」。
外國恐怖組織
儘管如此，美國仍不斷受到來自其它外國團體的恐怖主義襲擊。當泛美航空公司103航班在英國洛克比鎮上空爆炸後，對嫌疑人的審判使人們將注意力轉移到了利比亞的卡達菲上校身上。
1983年，美國海軍陸戰隊位於貝魯特的軍營遭到自殺炸彈襲擊，造成240多名美國軍人死亡。
然而，美國的恐怖主義襲擊事件並非都來自國外組織。當俄荷拉荷瑪城聯邦大樓炸彈事件發生後，美國當局曾以為是中東極端分子干的，但後來證實，這是一位對當局不滿的美國年輕人麥克維干的。
麥克維被美國聯邦政府視作個人自由的敵人，他曾發誓將為此展開鬥爭。
英學者警告
英國布拉德福大學教授羅傑斯警告說，不能輕易假定中東極端主義人士是這次悲劇事件的幕後策劃者。
但一個自稱是代表「巴勒斯坦民主解放陣線」組織的人士對阿布達比電視臺說，這次事件是該組織干的。
然而，該組織一位高級官員隨後否認是該組織干的。「巴勒斯坦民主解放陣線」也否認了這種說法。
