三峡大坝蓄水以来，长江鱼类的生存和繁衍仍面临考验。大坝阻断了鱼类回流产卵的通道，造成不少逆流而上产卵的鱼类撞坝而亡。而长江珍稀水生动物白豚、白鲟、中华鲟、长江鲟、江豚和胭脂鱼等，数量更是明显减少，有活化石之称的中华鲟数量更由过去每年五千条减至三百条。
据香港《大公报》报道，湖北宜昌的中华鲟研究所主任刘灯红介绍说，三峡蓄水成库将影响到白豚、白鲟、中华鲟、长江鲟、江豚和胭脂鱼等六种国家珍稀濒危水生生物。刘灯红说，自2003年三峡大坝下闸蓄水以来，长江水温有所下降，泥沙量逐渐减少，河流周年径流量改变。在夏季泄洪时，江水中的氧气、氮气等气体含量发生变化，造成鱼类大量死亡，泄洪越多的年份，对鱼类的影响越大。由于“变江为湖”，许多适合急流生长的鱼逐渐向上游迁移，进而改变了鱼类种群的结构。
据悉，最重要的是，葛洲坝、三峡大坝的建设，阻断了鱼类洄流产卵的通道，造成不少逆流而上产卵的鱼类撞坝而亡。据了解，中华鲟的生存空间已由原来的八百公里江段16个不同区域压缩到一个面积狭小的区域，而其群体数量也从过去每年三千至五千尾左右，减少到现在的不足三百尾。
中科院武汉水生生物研究所魏卓博士也表示，三峡刚开始蓄水时，洞庭湖的水位下降一至两米，目前水位已下降至五米，很多小支流出现干旱、断流，渔业资源越来越少。加上今年出现少有的汛期干旱，很多水域的渔民现在已经很难打到鱼。以前鄱阳湖到处都是刀鲚，现在已经难觅踪迹。
专家们呼吁有关部门除加大资金投入外，还应在长江沿岸再多建鱼类自然保护区，加强珍稀鱼类的繁殖保护工作。此外，在水库调度时要考虑生态调度，尽可能减小对鱼类和水生生物的影响。
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