联合早报周锐鹏报道，北京一直给予热情接待的新党立委如冯沪祥等人全都落选，新党几乎全军覆没，更是令国台办官员感到尴尬。
清华大学国际问题研究所所长阎学通教授说，民进党立委席次增加显示，即使在经济不景气的情况下，台独势力也没有受到压制，反而在增长。
阎学通说：“由于台独势力的增长，陈水扁继续坚持他的台独政策，他对竞选连任的信心也在增加。”
他说，这次选显示，在两岸关系上，台湾方面受经济因素左右是有限的。两岸经贸关系发展并不意味着两岸政治关系也同步发展。
“要遏制台独势力发展，不能仅靠经贸密切往来。如何才是有效遏制台独势力发展的方法，将是大陆需要研究的问题了。”
中国国际问题研究所研究员郭震远忧心的说：“民进党成第一大党后，在两岸关系的问题上将更加胆大妄为。”
除了断定两岸关系将更恶化，郭震远也认为，这场立委选的结果将加剧台湾的乱局。
清华大学公共管理学教授楚树龙指出，台湾这次立委选的结果对民进党有利，可能使陈水扁更加坚持他目前不承认“一个中国”和“九二共识”的两岸政策，甚至进一步鼓动陈水扁向独立方向迈进。
不过，楚树龙认为，大陆不因为台湾这次选而改变对陈水扁“听其言、观其行”的政策。
中国社科学台湾研究所副所长余克礼说，尽管民进党成为第一大党，但相信它在两岸关系上还“不敢铤而走险”。
他也认为，席次过半的泛蓝军将对陈水扁和民进党的施政起到有力的制衡作用，因此，民进党也不能“为所欲为”。
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