黃琦於2000年6月3日在辦公室被成都市公安局逮捕，之後無罪關押近3年而不宣判。在關押期間，被迫睡地上，並遭到殘暴毆打，失去牙齒並傷及身體關鍵部位。
目前，黃琦患有頭疼、濕疹以及心臟疾病，監獄醫療條件惡劣而無法治療。現在唯一的希望就是能提前出獄治療。
黃琦被以「顛覆國家政權」罪判處5年徒刑。按判決書，他應於2005年6月2日釋放。
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