首先，三峽工程論證領導小組由水電部部長擔任領導，領導小組成員都是水電部的副部長和總工程師，而上述的十幾個專題小組的負責人也都是清一色的水電部所屬各司、局、院的負責人，都是在部長領導下支持三峽工程上馬的人。不支持該工程的人不能成為論證過程的領導者。其次，在邀請專家時也有明顯的偏向，凡是批評三峽工程的專家，多數都被排除在論證專題組之外，而且對這一工程批評最多的專家，水電部都一概不予邀請。這樣，在被邀請的400多位專家中，只有少數幾個人對上三峽工程有不同意見。在水電部邀請的二十幾位論證組特邀顧問中也是如此，持反對意見的只有一位，即水電部不得不請的孫越琦。
水電部當然也沒有請我參加，據水利部的人說，理由是林一山不參加論證，所以李銳也可以不參加。這個理由是十分牽強的，目的是把我從論證組中排除出去。當時水電部負責人是堅決貫徹林一山的意見的，所以林一山參不參加就無所謂了，林一山的意見就是水電部的意見。他們知道，我向中央寫過很多關於三峽工程的意見書、堅決不同意這一工程上馬，所以不希望我的看法影響論證組的其他人。由於我那時在中央組織部的工作確實很忙，沒有更多的精力，所以也未繼續、主動地參與這件事。
在論證過程中，水電部經常故意不提供備選方案，使得參與論證的專家被迫只能論證水電部事先預設的那個方案。所以，後來我曾批評說，皇帝選皇后，也不能只有一個候選人，至少要有三、五個，甚至八個、十個，若只有一個候選人，還有什麼可選擇的呢？可是，在三峽工程的論證過程中，許多方面的預案都是唯一的，即使有人提出了備選方案，也常常不被水電部領導人接納。
據瞭解，有關方面也研究過三峽工程的替代方案，例如，長辦曾根據論證的要求，提出過長江防洪的替代方案，即「在做好1980年所提平原防洪方案的基礎上，中游加固堤防，擴大並完善分蓄洪區與上游水庫聯合運用的方案」。在三峽工程防洪替代方案的討論會上，許多專家都認為，這個方案是比較合理的。但是這個方案不符合水電部領導的意圖，於是水電部要求長辦再作補充性研究報告，然後召開了三峽工程防洪替代方案第二次討論會，終於達到了否定替代方案、肯定三峽工程的目的。同樣地，在發電和航運等方面，也有人提出過替代方案，但都被水電部輕易地否定了。
又如，在論證三峽水庫的蓄水水位時，雖然提出要比較各種蓄水位方案，但還未展開討論前，領導就授意水位組提出了初選的175米方案；許多老專家如施嘉煬、張昌齡、李鄂鼎、羅西北、黃元鎮、張啟舜、何格高等，都在論證會上發表了不同的意見，提出了蓄水位較低的150、160米等方案；但水電部領導都不予考慮，還是始終堅持預定的175米初選方案，結果，這個初選方案最後終於通過了，成了現在的施工方案。
另外，在論證的組織過程中，專家們被限制在各自所參加的專業組範圍內討論，不允許他們就有關三峽工程的整體性問題發表意見。例如，水文專家組只許涉及水文資料的問題，地質專家組只負責地質評價。然後，各專題組的專家們就被要求籤字對本專題的論證結果負責。實際上，許多專家對三峽工程該不該建、蓄水位多高等重大問題，從無機會公開討論公開研究，也無法發表自己的意見。可是，在這種情況下，論證的主持者竟然宣布，在14個專家組的412位專家中，只有9位專家未簽名同意三峽工程的方案。這種統計結果首先是盜用了專家們的信譽，因為專家們的簽字只是他們各自小專題的研究結果，他們並無機會就三峽工程是否上馬、若上馬則應建多大規模等關鍵問題表態。其次，在學術論證問題上，豈能以少數服從多數來判斷是非呢，更何況水電部領導在組織論證中得到的所謂「多數」還是個虛假的數！
更荒唐的是，由於水電部為了保證論證結果達到部裡的預設目標，把各個專題組的研究相互分割、彼此孤立，而絲毫不顧專題組之間相互矛盾的意見是否可能從根本上推翻三峽工程的可行性。例如，泥沙組為了減少泥沙淤積、延長水庫壽命，提出的水庫運用原則是「蓄清排渾」，即汛期到來時，開閘放水，讓帶較多泥沙的渾水下泄；而防洪組從汛期的攔洪需要出發，提出的水庫運行原則恰恰相反，是「蓄渾排清」。那麼，究竟汛期到來時，三峽水庫是要關閘蓄洪、減輕下游洪災呢，還是開閘泄洪，減少庫區淤積、加重下游洪災？蓄了洪就必然嚴重淤積、水庫壽命會大為縮短，保了水庫壽命、那三峽水庫實際上就根本沒有防洪能力。如此顯而易見的矛盾，三峽工程論證領導小組居然都假裝未發現，而聽任泥沙組和防洪組的兩個互相矛盾的論證報告都順利通過。由此可見，論證領導小組真正關心的並不是謹慎小心的論證，而是怎樣讓論證過關、讓工程上馬開工。
最後，在如此論證的基礎上，水電部向全國人代會提交了關於三峽工程的報告，供代表審議。嚴格地講，這樣做是不恰當的。因為，人代會代表並不瞭解與三峽工程相關的複雜的技術、經濟、生態、社會等問題；何況，提交給人代會的報告根本是水電部「一言堂」的產物，連專家們都不能發表不同意見，怎能強迫人民代表們負起為水電部背書的責任呢？雖然代表們並沒有足夠、可靠的信息，但不少人還是作出了正確的判斷，於是三峽工程的議案付諸表決時出現了前所未有的表決結果，有177人反對，644人棄權。後來我就此在一篇文章中指出，人代會上給代表們看的全是正面意見，沒有反對意見；但在會議討論時，很多專家和代表（特別是四川代表）還是提出了問題的不同意見。
三峽工程的論證過程反映出兩種傾向的結合，一是主其事者主觀、專斷，沒有科學頭腦，又聽不進不同的意見；二是防洪的指導思想中片面依賴大水庫攔蓄洪水。
三峽工程能解決長江流域的防洪問題嗎？且合理嗎？
在三峽工程上馬之前，我一向是反對的。1993年3月12日，三峽工程尚未宣布正式開工，我出於責任心，曾給中央常委上書，題目是「關於三峽工程建議聽一次反面意見」。我寫到，現在通過的175米大壩方案必將引起泥沙淤積，影響重慶港，阻礙航運。七十年代談論葛洲壩問題時，周總理曾明確指出，長江開發，航運第一；他還疾言厲色地說道，如果礙航，就要炸壩。我就三峽工程問題問過負責論證航運的交通部的同志，他說，三峽大壩175米方案有關航運的問題，有些並未落實。我認為，長江航運關係到四川的改革開放和今後的長遠發展，至深至巨，這同所謂的荊江大堤受千年一遇洪水的威脅，自不可同日而語。在論證175米大壩方案時，並未提出準確可靠的解決泥沙淤積的辦法。我在這次上書中最後說道，「我鄭重向中央建議：請中央找一些有代表性的、持有各種不同意見的、反對三峽工程（或175米方案）現在就上馬的專家學者，開一次會，認真聽取一次他們的意見。請原諒我說句老話：只有兼聽則明」。
我是本著對歷史負責到底的態度來談這些事情的，不管我的意見有沒有人聽，我還是得說出來、寫下來，立此存照。所以，1996年三峽工程上馬、開工之後，我仍然寫了個意見，認為工程應當停下來。最近香港增訂再版我1985年出的《論三峽工程》這本書時，收集了過去十多年中我的有關文章和意見書。我在此書的「再版前記」中說，「出版此書始終有兩個目的：一是便於世人瞭解有關三峽工程爭論的歷史過程。二是希望有助於國家重大決策的科學化和民主化。至於三峽工程本身，幾十年來尤其直到上馬之勢已定後，我要說的話已經反覆說過了，說夠了。區區寸心，天人共鑒。我已經盡了自己的歷史責任，或者聊以自慰：『我已經說了，我拯救了自己的靈魂』」。
至於要說明我為什麼反對修建三峽工程，就需要先瞭解修建三峽工程的主導思想是否合理、以及三峽工程的問題到底出在什麼地方。究竟為什麼一定要修建這個工程，幾十年來水利部門的說法經常變來變去，怎樣說有利於工程上馬，他們就怎麼說。七十年代時電力緊張，水利部門就強調說，修三峽水庫是為了多發電；現在電力不那麼緊張了，他們就宣傳說，這個工程的主要目的是防洪，好像有了三峽工程，長江的洪水就可以解決了；最近，又稍稍有點改口了，說修了三峽水庫可以減少長江洪水，從而不至於發生大的洪災。
若論及防洪，就要分析洪水的成因。洪水的成因不同、流域內的情況不同，洪水的後果自然也不同。中國洪水的成因與原蘇聯的不一樣，原蘇聯的洪水是融雪造成的，而中國的洪水是雨季的大雨、暴雨造成的。雖然在一般情況下，長江流域的上、中、下游各支流的洪水來水時序稍有錯開，但6、7、8這三個月中長江的洪水總量仍然非常大，要想用一座大水庫來攔蓄是不可能的。現在三峽工程採用的175米大壩方案最多只能裝200億立方米的洪水，防洪作用有限，可是卻會造成重慶港的嚴重淤積。
何況，三峽水庫只能控制長江的四川段來水，長江中下游地區的防洪主要仍應靠堤防，使洪水盡量下排入海，這是中外古今行之有效的辦法。此外，1954年長江流域發生洪水時，洪水抬了干流水位，長江沿岸的湖南、湖北、江西、安徽和江蘇等平原地區因降暴雨而積累起來的水無法排入長江，所以這些地區的80%都出現了先澇後洪的局面。因此，即使修了三峽水庫，也解決不了長江中下游地區暴雨造成的澇災。
從防洪的角度來看，三峽水庫實際上主要的作用是保護湖北沙市一帶的荊江大堤，減緩洪峰對荊江北岸的衝擊。林一山他們認為，如果不修三峽工程，那麼，遇到1870年那樣的特大洪水，萬一荊江破堤，就會有幾百萬畝土地要被淹、上百萬人的生命受到威脅。但是，1870年發生那次特大洪水時，荊江大堤並未潰決；經過一百多年來不斷的加高、加固，現在的荊江大堤比那時穩固得多，即使遇到那樣規模的特大洪水，也不見得就會潰決。何況，現在的氣象預報和洪水預測日益進步，完全可以在長江洪水來臨之前預作準備。如果只能達到這樣有限的防洪目標，花這麼大的投資來修三峽水庫是否值得，是應當深入研究的。
防洪不僅是個水利工程問題，也是一個經濟問題。因為，大型洪災是多少年才遇一次，如果投入巨資修三峽這樣的水庫，只是為了防禦多少年一遇的洪水，而水庫修好後多少年內又未遇到這樣的洪水，那麼所投入的資金及利息就浪費了，其損失是非常大的。若投入幾千億元資金修防洪水庫，幾十年內卻沒有遇到百年一遇的洪水，那麼幾十年內經濟上的損失可能達到幾萬億。水利部門長期以來只管花錢、不算經濟帳，這是他們主張單一的水庫防洪方針的一個根本原因。在防洪問題上，還應當考慮非工程措施，就是實行防洪保險，萬一發生洪災，由國家和銀行按照承保數額提供賠償。
1984年我在寫給中央領導同志的「再談關於三峽工程的意見」中，曾談到過加固堤防和利用湖泊窪地防洪的重要作用。1958年中央成都會議通過的文件就指出，「要抓緊時機分期完成各項防洪工程，其中堤防特別是荊江大堤的加固，中下游湖泊窪地蓄洪排漬工程等決不可放鬆。在防洪問題上，要防止等待三峽工程和有了三峽工程就萬事大吉的思想」。可是，成都會議文件提出的要防止的傾向至今仍然存在，水利部原負責人確實是一心一意地要建三峽工程，也忽視了加固堤防工程和其他的防洪措施。我在這篇「意見」中還談到，「長江中下游原有大量湖泊窪地，本是泄洪的良好場所。但是在過去『以糧為剛』的方針下大量圍墾，湖面逐漸減少，原有通江湖泊二萬多平方公里，已減少了大約一萬平方公里，泄洪能力大大減少，抬高了江湖洪水水位，增加堤防的防洪負擔和洪水威脅，還破壞了生態平衡。最近地方上提出要退田還湖，不僅可以改農為漁，提高經濟效益，改善生態環境，還可以恢復其泄洪作用，是適於自然條件的良好防洪措施。二萬平方公里的湖泊面積，利用一米深水蓄洪，即有200億立方米的容積，即相當於三峽工程170米洪水水位的防洪庫容」。但是，這一建議並未引起有關方面的注意，直到1998年發生了大洪水，問題才充分暴露出來。朱鎔基下了死命令，必須加固堤防、退田還湖。其實，我們過去早就講過這一問題，可是水利部門有些人就是不聽；他們也根本不理會中央成都會議通過的決議，硬是把長江防洪的希望寄託在三峽工程身上。
去年8月4日《南方週末》整版發表了對陸欽侃的訪問記，他就是在三峽工程論證過程中拒絕簽字的九位專家之一。他認為，1998年的長江洪水比1954年的洪水小，如果水利部能根據1980年上報國務院的關於近十年長江防洪的部署，確實採取加高加固堤防、落實分蓄洪區等措施，按計畫於1990年完成、甚至哪怕推遲至1995年完成的話，1998年的長江洪水就不會如此成災。去年的長江洪災就是水利部門負責人不重視堤防和分蓄洪區的防洪作用的慘痛教訓。
要發展水電建設就非建三峽電站不可嗎？
我國的水利資源居世界第一，開發條件也極其優越，可是現在已開發的水利資源還不到10%，連印度的水利資源開發程度都達到了20%多。過去近百年來，各
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