中國官方媒體開始說四百人中毒，後來下降到二百；新華社最初說死亡人數是四十一人，後又撤稿，十七日改為三十八人，同一天中國國際電臺說是四十九人，中共在香港的大公報一度說是逾百人，而民間說是數百人。政府多數部門嚴守秘密，不回答記者的問題。
據多維社報導，南京市成立以市長羅志軍為總指揮的現場總指揮部，除了進行善後處理及調查外，還勒令各大報刊統一口徑，不准報導死亡人數。
中央電視臺《新聞聯播》報導稱：南京湯山中毒人員有38人因搶救無效死亡。目前，除了６名重征病人外，其他中毒患者都已轉危為安。部分中毒患者已治癒出院。
網友對此有質疑。有人指出：「因搶救無效死亡38人」，那麼，那些根本沒來得及「搶救」就早已確定死亡的死者，是不是就可以因為不屬於「因搶救無效死亡」，而被排除在這公開承認的38人之外呢？！因此，有人認為從大陸官方報導的這一文字小把戲（為什麼不敢理直氣壯地說「中毒死亡人數目前統計已達38人」？）中，我們幾乎可以斷定南京特大投毒案的死亡人數絕對不止38人。政府到底想掩蓋什麼？
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